Markus Ogorek ist Direktor der Forschungsstelle Nachrichtendienste der Universität zu Köln. In dieser Funktion verantwortet er die vielfältigen Forschungs-, Lehr- und Third-Mission-Aktivitäten zur Extremismusbekämpfung und Spionageabwehr mitsamt der zugehörigen Sicherheitsgesetzgebung. Zudem tritt er als Sachverständiger im parlamentarischen Raum auf und ordnet in bundesweiten Medien nachrichtendienstliche Fragestellungen ein. Darüber hinaus fungiert Markus Ogorek an der Universität zu Köln als Direktor des Instituts für Öffentliches Recht und Verwaltungslehre (Nachfolge von Thomas v. Danwitz), stv. Direktor der Adenauer School of Government – einer zentralen wissenschaftlichen Einrichtung mit neunstelliger Drittmittelförderung – sowie Ko-Beauftragter für das deutsch-französische Jurastudium mit der Universität Paris 1 Panthéon-Sorbonne.

Zur Übernahme des bis dahin von RiEuGH Thomas von Danwitz geleiteten Instituts verließ er 2020 die EBS Universität in Oestrich-Winkel, deren Präsident er seit 2016 war (Nachfolger: Günther H. Oettinger). Zuvor hatte er von 2014 bis 2016 das Amt des Dekans der Juristischen Fakultät sowie eine verwaltungsrechtliche Professur inne. Zeitweise bekleidete er eine parallele Gastprofessur an der Universität Nanjing. 2012 war Markus Ogorek an der Universität zu Köln habilitiert worden und hatte eine Lehrstuhlvertretung an der Goethe-Universität Frankfurt am Main übernommen. Dem gingen eine mehrjährige Tätigkeit als Rechtsanwalt bei der internationalen Sozietät Linklaters, die Promotion bei Stefan Muckel, ein LL.M.-Studium an der University of California, Berkeley (Boalt Hall), eine Tätigkeit als Visiting Scholar an der Duquesne University School of Law in Pittsburgh sowie das Bar Exam in New York voraus. Sein rechtswissenschaftliches Studium absolvierte Markus Ogorek in Bochum und Salzburg.

Markus Ogorek ist Mitglied der Staatsrechtslehrervereinigung, der Deutsch-Amerikanischen Juristen-Vereinigung und der Görres-Gesellschaft. Seine Lehrformate wurden mehrfach ausgezeichnet, u.a. mit einem Fellowship für Innovationen in der digitalen Hochschullehre des NRW-Wissenschaftsressorts (2021), dem Lehrpreis der Kölner Rechtswissenschaftlichen Fakultät (2023) sowie dem Kölner Universitätspreis für Lehre und Studium (2024).